Notebook jupyter sur Kairos

Il est possible de faire un notebook jupyter sur Kairos, à certaines conditions :

  • la durée de connexion ne peut pas excéder 8 heures
  • La réservation est sur la file "shared-gpu", et par conséquent limitée à 1 GPU, 72 CPUs et 212 G de RAM
  • Pour un travail plus intensif, il vaut mieux préférer le lancement par sbatch qui permet de réserver des ressources adaptées

Comment demander une session interactive de notebook jupyter

Lorsque vous êtes connecté sur une frontale de kairos, exécutez le script :

runJupyterSession.sh

Laissez le script démarrer (cela prend quelques secondes, soyez patient...), puis vous devriez voir un affichage de ce style :

[  3/150] Queuing and waiting for Jupyter session resources initialization (JJJJJ) ...
jupyter session ...
#===========================================================================
|
| Your jupyter notebook is now available. 
|  
| You must now open a TERMINAL on YOUR laptop and execute the command : 
|
|     ssh -L 8888:/users/pxxxxx/uyyyyy/.jupyter/jupyter-notebook-WW.XX.YY.ZZ-JJJJJ.sock  -n uyyyyy [at] WW [dot] XX [dot] YY [dot] ZZ (uyyyyy[at]WW[dot]XX[dot]YY[dot]ZZ) 'si-init.sh'

| Then from your browser, visit the following url :
|     
|     http://localhost:8888/?token=azertyuiopqsdfghjklmwxcvbn
|
#===========================================================================
| CAUTION : DO NOT CLOSE this slurm job or this terminal !
#===========================================================================
+---------------------------------------------------------------------------
| CONNECTION INFO :
|   * Job ID                 : JJJJJ
|   * Client                 : WWW.XXX.YYY.ZZZ (FROM THE MOON)
|   * Target                 : WW.XX.YY.ZZ (kairosghY)
|   * Notebook URL           : http://localhost:8888/?token=azertyuiopqsdfghjklmwxcvbn
|   * Notebook token         : azertyuiopqsdfghjklmwxcvbn
|   * SSH tunnel socket path : /users/pxxxxx/uyyyyy/.jupyter/jupyter-notebook-WW.XX.YY.ZZ-JJJJJ.sock
+---------------------------------------------------------------------------
[/] - Press CTRL-C to quit

Sur un second terminal sur votre poste de travail, exécuter la commande ssh donnée par le script :

ssh -L 8888:/users/pxxxxx/uyyyyy/.jupyter/jupyter-notebook-WW.XX.YY.ZZ-JJJJJ.sock  -n uyyyyy [at] WW [dot] XX [dot] YY [dot] ZZ (uyyyyy[at]WW[dot]XX[dot]YY[dot]ZZ) 'si-init.sh'

Patientez là encore quelques secondes et vous devriez obtenir le message suivant :

#===========================================================================
|
| ssh tunnel established.
|
#===========================================================================
| CAUTION : DO NOT CLOSE this terminal !
#===========================================================================

⚠️ DO NOT CLOSE TERMINALS

Comme les 2 messages l'indiquent, ne fermez pas la fenêtre de demande de session interactive sur Kairos, ni celle du tunnel ssh sur votre poste de travail.

Enfin, vous pouvez utiliser votre notebook jupyter :


Installer un paquet python depuis le notebook jupyter

Pour installer un paquet python supplémentaire dans mon environnement, à l'intérieur d'une cellule du notebook, on peut exécuter la commande suivante :

!pip install --user monpaquet'

Exemple pour installer le paquet "ansicolors" depuis d'une cellule du notebook :

!pip install --user ansicolors

Utiliser un environnent python dédié pour son notebook

Il est possible d'utiliser l'option --userbase afin de spécifier un chemin alternatif pour les modules ou les environnements python (https://docs.python.org/3/using/cmdline.html#envvar-PYTHONU…

runJupyterSession.sh --userbase /users/${GROUP}/${USER}/mon_custom_python_env

Voir aussi

Commandes utiles Conda miniforge ARM

D'abord il faut reserver et se connecter sur un noeud avec la commande suivante avant de creer son environnement:

Gaussian 16 sur Kairos

La version G16 révision B01 est installée sur Kairos ( uniquement sur partition x86)

NAMD

La version 3.0.2 est installée sur Kairos ( uniquement s

GROMACS

La version 2025 est installée sur Kairos ( uniquement sur partition GPU-ARM) avec NVHPC 25.3 

Gaussview (Kairos)

Alphafold3

Modélisation avec Alphafold3 sur KairosCette page explique la mise en place du job à partir du répertoire suivant, à récupérer ici :

chdb

In this tutorial, you’ll learn how to use chdb to run your embarassingly parallel computations. All the usecases supported by chdb will be described here.

CP2K on Kairos

Le code CP2K est disponible sur kairos.

GAMESS

Chargement du modulemodule purgemodule load gamess/v2024.2.1-oneapi2025