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Le pré- et post-traitement (préparation des systèmes, analyse des trajectoires) s'effectue sur les nœuds x86 avec AmberTools 25. Les simulations de dynamique moléculaire accélérées GPU tournent sur la partition GH (aarch64) avec AMBER 24.
2024
Amber 24 GPU-ARM
Chargement du module
module load amber/24-nvhpc25.3Script SLURM — 1 GPU
#!/usr/bin/env bash
#SBATCH -J amber_1gpu
#SBATCH -p shared-gpu # partition Grace Hopper (aarch64)
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH --gres=gpu:1
module purge
module load amber/24-nvhpc25.3
pmemd.cuda_SPFP \
-O \
-i mdin.in \
-o md.out \
-p system.prmtop \
-c system.rst \
-r system_out.rst \
-x system.mdcrd \
-inf mdinfo
Script SLURM — Multi-GPU
#!/usr/bin/env bash
#SBATCH -J amber_multigpu
#SBATCH -p gpu # partition Grace Hopper (aarch64)
#SBATCH -N 1 # nombre de nœuds
#SBATCH -n 4 # nombre de tâches MPI = nombre de GPUs
#SBATCH -t 24:00:00
#SBATCH --gres=gpu:4 # 4 GPUs par nœud
module purge
module load amber/24-nvhpc25.3
# MPI HPC-X (requis pour compatibilité driver)
MPIRUN=/softs/arm/nvhpc/Linux_aarch64/25.3/comm_libs/12.8/hpcx/hpcx-2.22.1/ompi/bin/mpirun
$MPIRUN -n $SLURM_NTASKS pmemd.cuda_SPFP.MPI \
-O \
-i mdin.in \
-o md.out \
-p system.prmtop \
-c system.rst \
-r system_out.rst \
-x system.mdcrd \
-inf mdinfo
AmberTools 15 CPU-x86
Chargement du module
module load ambertools/25 source $AMBERHOME/amber.sh # requis après le module load
Script SLURM — AmberTools (analyse)
#!/usr/bin/env bash
#SBATCH -J ambertools_analyse
#SBATCH -p micro-cpu # partition x86
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 8
#SBATCH -t 1:00:00
module purge
module load ambertools/25
source $AMBERHOME/amber.sh
# Analyse de trajectoire
cpptraj -i analysis.in
# ou préparation du système
tleap -f system.leap