La version 2.12 de NAMD est installée sur OLYMPE.

• Version CPU
  Pour utiliser NAMD module load namd/2.12

  Environnement avec lequel NAMD a été installé :

  module load namd/2.12 module li Currently Loaded Modulefiles: 1) intel/18.2 2) intelmpi/18.2 3) namd/2.12

• Version GPU
  Pour utiliser NAMD module load namd/2.12-gpu

  Environnement avec lequel NAMD a été installé :

  module load namd/2.12-gpu module li Currently Loaded Modulefiles: 1) intel/18.2 2) intelmpi/18.2 3) cuda/9.1.85.3 4) namd/2.12-gpu

Des modèles de script batch sont disponible dans le répertoire /usr/local/namd/2.12-gpu/.
Un exemple, exemple_script_soumission.sh, est fourni dans le cas mono-noeud.
Un exemple, exemple_script_soumission_mpi.sh, est fournit dans le cas multi-noeud.

De plus amples informations sur la soumissions des calculs namd avec GPU sont aussi disponibles sur le site web de NVidia : https://www.nvidia.com/en-us/data-center/gpu-accelerated-applications/namd/.