GROMACS

Versions de GROMACS disponibles sur OLYMPE : version 2018.3 version 2020.2

Les versions disponibles sur Olympe


2021.3

Compilé avec gcc 9.3.0 et openmpi

module purge
module load gromacs/2021.3-ompi
source $GMXRC

module li
Currently Loaded Modulefiles:
  1) intel/18.2                   2) intelmpi/18.2                3) cmake/3.13.0                 4) openmpi/gnu/4.0.2-gcc9.3.0   5) cuda/11.0                    6) gcc/9.3.0                    7) gromacs/2021.3-ompi

2020.5 plumed

Compilé avec le compilateur intel 19, cuda 10.0, intelmpi et le patch plumed, 2 fix605 Voir ici : https://github.com/deepmodeling/plumed2/tree/fix-605-HREX-gromacs/

module purge
module load gromacs/2020.5-impi-p2-fix605
source $GMXRC

2020.2 plumed

module purge
module load gromacs/2020.2-impi-p2.6.1
source $GMXRC
module li
Currently Loaded Modulefiles:
  1) intel/18.2                   4) gcc/7.3.0
  2) intelmpi/18.2                5) plumed/2.6.1
  3) cuda/10.1.105                6) gromacs/2020.2-impi-p2.6.1

2020.2

Compilé avec gcc 7.3.0 et openmpi

module purge
module load gromacs/2020.2-ompi
source $GMXRC
module li
Currently Loaded Modulefiles:
  1) cuda/10.1.105          2) gcc/7.3.0              3) openmpi/gnu/2.0.2.10   4) gromacs/2020.2-ompi

2018.3

Compilé avec le compilateur intel, cuda 9.1 et openmpi

module purge
module load gromacs/2018.3-ompi
source $GMXRC
module li
1) cuda/9.1.85.3          2) intel/17.1             3) openmpi/icc/2.0.2.10   4) gromacs/2018.3-ompi

Utilisation de gromacs avec les GPUs

Les tests ont montré que:

  • Pour des jeux de données "petits" (moins de 500000 atomes), le gpu n’est pas utile, il peut même dégrader les performances.
  • Pour des jeux de données "gros" (plus de 500000 atomes), les GPUS sont très utiles. Plus le nombre d’atomes est important, plus c’est utile.
  • Lorsqu’on utilise le GPU, la configuration la plus performante est celle qui utilise beaucoup de processus mpi, chaque procesus ayant deux threads openmp. Il est même intéressant d’utiliser l’hyperthreading

Exemples de scripts sbatch


CPUs

#!/bin/sh
#SBATCH -J "gromacs"
#SBATCH -t 01:00:00
#SBATCH -N 4
#SBATCH -n 144
#SBATCH --cpus-per-task=2

module purge
module load gromacs/2018.3-ompi
source $GMXRC
ulimit -s 10240

export OMP_NUM_THREADS=2
export OMP_PROC_BIND=true

srun $(placement) mdrun_mpi ...

jobinfo ${SLURM_JOBID}

GPUs

Un exemple de script sbatch qui utilise les 4 gpus d'un nœud volta:

#!/bin/sh
#SBATCH -J "gromacs"
#SBATCH -t 01:00:00
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 36
#SBATCH --cpus-per-task=2
#SBATCH --gres=gpu:4

module purge
module load gromacs/2018.3-ompi
source $GMXRC
ulimit -s 10240

export OMP_NUM_THREADS=2
export OMP_PROC_BIND=true

srun $(placement) mdrun_mpi ...

Voir aussi

FAQ

Questions fréquentes et messages d'erreurs

NAMD

Version installée sur OLYMPE: 2.12  (CPU et GPU)

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