Visualisation graphique à distance

Calmip met à disposition des utilisateurs des ressources graphiques, permettant de visualiser ses données à distance

Article mis en ligne le 18 octobre 2018
dernière modification le 19 octobre 2018
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Pourquoi la visualisation à distance ?

Les logiciels scientifiques génèrent souvent de grosses quantités de données, qu’il sera nécessaire de post-traiter, par exemple en utilisant des logiciels de visualisation.

Ces logiciels demandent des ressources non négligeables (carte graphique, mémoire) pas toujours disponibles dans les laboratoires. Il est par ailleurs laborieux de rapatrier systématiquement en local de gros fichiers de données.

La visualisation à distance permet de résoudre ces difficultés :

  • Les fichiers n’ont pas besoin d’être transférés
  • Les ressources graphiques nécessaires se trouvent à Calmip, il n’y a pas besoin de grosse station graphique au laboratoire pour visualiser les données, même en 3D, dans de bonnes conditions

Prérequis

  • Le logiciel turboVnc version 2 doit être installé sur votre poste de travail. Vous n’avez pas besoin de l’intégralité du paquetage, seule la partie client (vncviewer) est utile.
  • Vous pouvez le télécharger ici (version java, gnu/linux, macOs) ou ici (windows)
    • Une fois téléchargé et dézippé, vous pouvez exécuter le logiciel par la commande (macOs, gnu/linux) :
  • Pour des conseils d’installation de java, voir ici

Comment se connecter ?

  • Connectez-vous sur Olympe [1] par
  • Dans la fenêtre d’Olympe, lancez une session de visualisation :
  • Certaines options peuvent être utilisées avec ce script, elles sont décrites ci-dessous. Ce script vous fournira une URL de connexion au serveur VNC.
  • Le script runVisuSession.sh soumet un job dans la queue graphique. Cela a plusieurs conséquences :
    • Si les nœuds graphiques sont déjà occupés, peut-être que vous serez mis en attente. Dans ce cas, réessayez un peu plus tard.
    • Le walltime de la queue graphique est fixé à 4h00 : cela signifie que vos travaux graphiques ne peuvent s’étendre sur plus de quatre heures d’affilée.
    • Il s’agit d’une session interactive, qui ne doit pas être interrompue : si vous l’interrompez (par CTRL-C par exemple ou en fermant la fenêtre), la connexion graphique s’interrompt. Par contre vous pouvez la passer en tâche de fond par :
  • Sur votre poste, lancez l’exécutable de turboVNC :
    • Entrez dans le champ VNC Server l’adresse donnée par le script ci-dessus
    • Entrez dans le champ User name votre nom d’utilisateur.
    • Entrez dans le champ Password votre mot de passe.
  • Le gestionnaire de fenêtre utilisé est fluxbox, cliquez avec le bouton de droite de la souris pour faire apparaitre le menu. La plupart des applications (paraview, vmd, etc) peuvent être lancées à partir de ce menu.
  • Pour avoir accès aux caractères de contrôle, passer en plein écran, etc. pressez sur la touche F8 pour afficher le menu VNC

Toutes les communications entre votre poste de travail et le nœud graphique sont cryptées

Plus de résolution, plus de mémoire, plus de processeurs

Pour la quantité de mémoire allouée (5Go par défaut [2]) ou le nombre de cœurs utilisés (1 cœur par défaut), vous pouvez utiliser les options suivantes avec la commande runVisuSession.sh :

  • -m Xgb (max 120 Gb)
  • -n Z (max 20 cœurs)
  • —desktop (gnome)
  • -h Affiche l’aide

Plus d’applications

Si vous souhaitez utiliser une application non déclarée dans le menu, vous pouvez :

  • Ouvrir un terminal (première option du menu) puis appeler votre application en ligne de commande.
  • Personnaliser le menu de la manière suivante :

Vous pouvez vous aider du fichier ~/.fluxbox/menu ou lire la documentation [3]

En cas d’accès réseau difficiles

Si vous travaillez sur un site distant, ou via une liaison de mauvaise qualité, vous aurez peut-être de mauvaises performances graphiques, au moins en 3D.

Vous avez alors la possibilité de dégrader la qualité de l’image afin d’améliorer son interactivité :

  • Cliquez sur le bouton en haut à gauche de la fenêtre TurboVnc
  • Une fenêtre s’ouvre, vous donnant accès à deux outils permettant de jouer sur la compression jpeg : le premier diminue ou supprime les couleurs, le second joue sur la résolution

Partager sa session graphique

Il est possible de partager la session graphique : cliquez sur l’option du menu "Sharing your session", une fenêtre s’ouvrira et vous donnera la possibilité de disposer d’un mot de passe à usage unique que vous pourrez envoyer à votre correspondant pour lui permettre de travailler :

  • en lecture seule : vous travaillez et vos correspondants peuvent suivre ce que vous faites, mais ils ne peuvent pas intervenir
  • en lecture-écriture : travail à plusieurs sur la même session. Attention, vous donnez ainsi à votre correspondant accès à tout votre compte sur Olympe !

Vous pouvez partager la session plusieurs fois, autant de fois que de partages simultanés souhaités. Pour chaque correspondant vous devrez générer un nouveau mot de passe.

Comment ça marche ?

Tout cela fonctionne grâce à :

  • Un nœud graphique de 392Gb de mémoire, deux sockets de 18 cœurs chacun
  • Quatre cartes graphiques nvidia volta
  • Le logiciel virtualGL

Le schéma général de l’installation logicielle est résumé ci-dessous :

Notes :

[1voir ici pour avoir plus de détails

[2Attention vous serez vite amené à demander plus de mémoire. De manière générale, la mémoire utilisée est largement plus importante que la taille des données à visualiser

[3Attention ne modifiez pas ce fichier, il est écrasé de temps en temps par fluxbox !


Téléchargements Fichier à télécharger :
  • turvovnc.zip
  • 1.9 Mo / Zip


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