Exemple de script pour l'utilisation de G09 (Olympe) sur 36 cores

Exemple de script pour l’utilisation de G09 (Olympe) sur 36 cores

Article mis en ligne le 26 septembre 2019

dernière modification le 4 mai 2021

Réservation des ressources (Plus d’options ici)

#!/bin/bash
#SBATCH -J script_art626
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 36
#SBATCH --threads-per-core=1
#SBATCH --time=30:00:00

Initialisation de Gaussian

Version 09 D01

g09root=/usr/local/gaussian/D01INTEL
export g09root
. $g09root/g09/bsd/g09.profile

Création d’un dossier temporaire de calcul

dirname=$SLURM_JOBID
mkdir /tmpdir/$LOGNAME/$dirname
cp mes_inputs /tmpdir/$LOGNAME/$dirname
cd /tmpdir/$LOGNAME/$dirname

Modification de l’environnement pour la performance

export KMP_AFFINITY=granularity=fine,proclist=[`liste.core`],explicit

Exemple de lancement de l’application

g09 < g09_test7_PB.com > g09_test7_PB.out

Rapatriement des résultats sous votre home directory

mv mes_outputs $SLURM_SUBMIT_DIR

ATTENTION

Dans la soumission SLURM, si moins de 18 cpus sont demandés, la directive de réservation doit obligatoirement préciser la taille mémoire souhaitée (en Megabytes).

Exemple : #SBATCH --mem=20000

ATTENTION

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