Python (Olympe)
Article mis en ligne le 11 juillet 2018
dernière modification le 3 février 2020

Environnements python

Nous disposons de plusieurs environnements python 2 et python 3.

  • Lister les environnements python disponibles :
    ------------------------------------------------------- /usr/local/modules/modulefiles/scientific_applications --------------------------------------------------------
    python/2.7.14 python/2.7.16 python/3.6.3  python/3.6.8
  • Charger un environnement python :
  • Lister l’environnement actif :
    Currently Loaded Modulefiles:
     1) python/3.6.8

Installation de modules python dans l’espace utilisateur

Pour ajouter des modules dans l’environnement python chargé, dans son espace utilisateur, il faut utiliser la commande "pip install" avec l’option "--user".

Exemple d’installation du module python "PyMultiNest" :

Collecting PyMultiNest
 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/c9/65/65d588bbe5ce73435d6dfc2143dcae5de108531e9c9237cb40e47c763970/pymultinest-2.7-py2.py3-none-any.whl
Installing collected packages: PyMultiNest
Successfully installed PyMultiNest-2.7
You are using pip version 9.0.1, however version 19.3.1 is available.
You should consider upgrading via the 'pip install --upgrade pip' command.

Environnements python spécifiques

  • Pytorch (basé sur python 2) + conda
    • version 2.7.17
      module load python/2.7.14
      source activate pytorch-0.4.0
      pour sortir de l’environnement virtuel
      source deactivate
  • Pytorch 1.4 (basé sur python 3) + conda
    • version 3.6.8
      module purge
      module load python/3.6.8
      module load cuda/10.1.105 (Si vous utilisez la des noeuds GPU)
      source activate pytorch-1.4
      pour sortir de l’environnement virtuel
      source deactivate