version 1.5.0 : Cette version a été compilée avec la libctl, harminv et le support du format hdf5. La version de MPI utilisée est openMpi (version 2.0.2.10). Le compilateur utilisé est icc (version 18.2)
version 1.15.0 : Cette version a été compilée avec la libctl, harminv et le support du format hdf5. La version de MPI utilisée est openMpi (version 2.0.2.10). Le compilateur utilisé est icc (version 18.2)
Exemple de script pour l’utilisation de MEEP
Réservation des ressources
S’inspirer de ces directives SBATCH pour une réservation sur plus de 18 cœurs.
Chargement des modules
module purge module load meep/1.5.0 ulimit -s 10240
Création d’un dossier temporaire de calcul
dirname=$SLURM_JOBID mkdir /tmpdir/$LOGNAME/$dirname cp mes_inputs /tmpdir/$LOGNAME/$dirname cd /tmpdir/$LOGNAME/$dirname
Lancement de l’application
srun meep
Rapatriement des résultats sous votre home directory
mv mes_ouputs ${SLURM_SUBMIT_DIR}
meep via la bibliothèque python
Certains utilisateurs préfèrent utiliser la version python de meep. Ils doivent d’abord installer meep via conda dans leur environnement :
module purge module load conda/4.9.2 conda create -n pmp_py3 -c conda-forge pymeep=*=mpi_mpich_* python=3
Ensuite, le script de soumission devra initialiser l’environnement de la manière suivante :
module purge module load conda/4.9.2 conda activate pmp_py3
Attention Si vous utilisez matplotlib dans votre script meep, vous serez probablement confronté au bug documenté ici