MEEP

version 1.5.0 : Cette version a été compilée avec la libctl, harminv et le support du format hdf5. La version de MPI utilisée est openMpi (version 2.0.2.10). Le compilateur utilisé est icc (version 18.2)

version 1.15.0 : Cette version a été compilée avec la libctl, harminv et le support du format hdf5. La version de MPI utilisée est openMpi (version 2.0.2.10). Le compilateur utilisé est icc (version 18.2)


Exemple de script pour l’utilisation de MEEP

Réservation des ressources

S’inspirer de ces directives SBATCH pour une réservation sur plus de 18 cœurs.

Chargement des modules

module purge
module load meep/1.5.0
ulimit -s 10240

Création d’un dossier temporaire de calcul

dirname=$SLURM_JOBID
mkdir /tmpdir/$LOGNAME/$dirname
cp mes_inputs /tmpdir/$LOGNAME/$dirname
cd /tmpdir/$LOGNAME/$dirname

Lancement de l’application

srun meep

Rapatriement des résultats sous votre home directory

mv mes_ouputs ${SLURM_SUBMIT_DIR}

 


meep via la bibliothèque python

Certains utilisateurs préfèrent utiliser la version python de meep. Ils doivent d’abord installer meep via conda dans leur environnement :

module purge
module load python/3.7.4
conda create -n pmp_py3 -c conda-forge pymeep=*=mpi_mpich_* python=3

Ensuite, le script de soumission devra initialiser l’environnement de la manière suivante :

module purge
module load python/3.7.4
source activate pmp_py3

Attention Si vous utilisez matplotlib dans votre script meep, vous serez probablement confronté au bug documenté ici

Voir aussi

FAQ

Questions fréquentes et messages d'erreurs

Je n’arrive pas à utiliser matplotlib !

Avec certaines versions de Python, la séquence suivante est problématique :