La version GPU 2021.03 de tinker-hp est installée
Pour utiliser tinker-hp : module purge module load tinker-hp/2021-03 export UCX_MEMTYPE_CACHE=n
tinker-hp utilise de 1 à 4 gpus. Il faut demander autant de tâches que de GPUS : si vous réservez 4 gpus, vous devez spécifier -n 4 afin que tous les GPUs soient utilisés.
ATTENTION : La variable d’environnement UCX_MEMTYPE_CACHE est indispensable pour pouvoir utiliser plusieurs GPUs.
Un script d’exemple :
Le script suivant va chercher des données d’exemple et les utilise pour faire un calcul sur 2 gpus :
#!/bin/bash
#SBATCH -J tinker-hp
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 2
#SBATCH --ntasks-per-core=1
#SBATCH --gres=gpu:2
#SBATCH --mem=50G
#SBATCH --time=1:00:00
module purge
module load tinker-hp/2021-03
WORK=${SLURM_JOB_ID}-1N2n1c2g
mkdir $WORK
cp $0 $WORK
cd $WORK
cp $TINKER_ROOT/example-gpu/stmv.dyn .
ln -s $TINKER_ROOT/example-gpu/stmv.key
ln -s $TINKER_ROOT/example-gpu/stmv.xyz
export UCX_MEMTYPE_CACHE=n
srun dynamic.mixed stmv.xyz -k stmv.key 3000 10 10 2 300
Publication de référence :
https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2018/SC/C7SC04531J