Exemple de script pour l'utilisation de G16 sur 36 cores

Exemple de script pour l’utilisation de G16 sur 36 cores

Article mis en ligne le 27 septembre 2019

Réservation des ressources (Plus d’options ici)

#!/bin/bash
#SBATCH -J script_art626
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 36
#SBATCH --threads-per-core=1
#SBATCH --time=30:00:00

Initialisation de Gaussian

Version G16 B01 PGI

g16root=/usr/local/gaussian/GAUSSIAN16/B01/g16_binary_pgi_avx2
export g16root
. $g16root/g16/bsd/g16.profile

Version G16 B01 PGI+GPU

#voir /usr/local/gaussian/exemple_script_slurm_g16/
g16root=/usr/local/gaussian/GAUSSIAN16/B01/g16_gpu_cuda_9.0
export g16root
. $g16root/g16/bsd/g16.profile
module purge
module load intel/18.2 pgi/18.3 cuda/9.0.176.2
export OMP_PROC_BIND=true

Version G16 B01 compil intel

g16root=/usr/local/gaussian/GAUSSIAN16/B01/g16_compil_intel_avx2
export g16root
. $g16root/g16/bsd/g16.profile

Version G16 B01 compil intel optim

g16root=/usr/local/gaussian/GAUSSIAN16/B01/g16_compil_intel_avx2_optim
export g16root
. $g16root/g16/bsd/g16.profile

Création d’un dossier temporaire de calcul

dirname=$SLURM_JOBID
mkdir /tmpdir/$LOGNAME/$dirname
cp mes_inputs /tmpdir/$LOGNAME/$dirname
cd /tmpdir/$LOGNAME/$dirname

Exemple de lancement de l’application

srun $(placement) g16 < g16_test7_PB.com > g16_test7_PB.out

Rapatriement des résultats sous votre home directory

mv mes_outputs $SLURM_SUBMIT_DIR

ATTENTION

Dans la soumission SLURM, si moins de 18 cpus sont demandés, la directive de réservation doit obligatoirement préciser la taille mémoire souhaitée (en Megabytes).

Exemple : #SBATCH --mem=20000

ATTENTION

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