Amber et Ambertools

Licence Amber:

Les binaires amber (pmed*) ne sont accessibles qu’aux équipes ayant acquis la licence. Veuillez contacter le support si vous n'avez pas les droits d'utilisation.

Tous les autres binaires (ambertools) sont gouvernés par une licence libre.

Les différentes versions d'Amber


amber 20 / tools 21

amber 20 / tools 21

Compilé avec le compilateur intel 17.1, intelmpi et cuda/10.1.105

module purge
module load amber/amber20-impi
source $AMBERSH

 

amber 16 / ambertools 17

amber 16 / ambertools 17

Compilé avec le compilateur intel, cuda 9.1 et openmpi - Version recommandée

module purge
module load amber/amber16-ompi
source $AMBERSH

module li
  1) cuda/9.0.176.2      2) openmpi/icc/mt/2.0.2.10   3) intel/17.1     4) amber/amber16-ompi

Ambertools 16

Ambertools 16

Compilé avec le compilateur intel et intelmpi - Amber n’est pas compris dans cet environnement.

module purge
module load amber/ambertools16
source $AMBERSH

module li
Currently Loaded Modulefiles:
  1) python/2.7.14        2) intelmpi/17.1        3) intel/17.1           4) amber/ambertools16

Utilisation avec les gpus

Amber permet d'utiliser le GPU dans de très bonnes conditions. En utilisation multi-gpus, il sait tirer parti des liens nvlink, ce qui permet des communications rapides entre les GPUs et donc un excellent speed-up. Typiquement, avec 2 gpus on va 1,5 fois plus vite qu'avec un seul, et avec quatre gpus on a 3 fois plus vite.

Mais il n'est pas possible de travailler avec plusieurs nœuds, donc on est limité à 4 gpus (sur Olympe).

 

Exemples de scripts

Un script sbatch qui tourne sur 1 nœud GPU :

#! /bin/bash
#SBATCH -J "amber"
#SBATCH -t 01:30:00
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 4
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --gres=gpu:4

module purge
module load amber/amber16-ompi
source $AMBERSH
ulimit -s 10240

srun $(placement) pmemd.cuda.MPI ...

jobinfo ${SLURM_JOBID}

Voir aussi

FAQ

Questions fréquentes et messages d'erreurs

NAMD

Version installée sur OLYMPE: 2.12  (CPU et GPU)

GROMACS

Versions de GROMACS disponibles sur OLYMPE : version 2018.3 version 2020.2