NAMD

Version installée sur OLYMPE: 2.12  (CPU et GPU)

Les versions installées sur Olympe


2.12 - CPU

2.12 - CPU

NAMD a été compilé avec le compilateur intel et intelMPI (18.2)

module load namd/2.12

2.12 - GPU

2.12 - GPU

NAMD, version GPU,  a été compilé avec le compilateur intel et intelMPI (18.2), et cuda 9.1.85.3

Environnement:

module load namd/2.12-gpu

Modèles de scripts:

Des modèles de script batch  (respectivement multi-nœud et mono-nœud) sont disponibles:

ls -l /usr/local/namd/2.12-gpu/exemple*
-rw-r--r--. 1 sysinst gsysinst 1296 19 juil.  2018 /usr/local/namd/2.12-gpu/exemple_script_soumission_mpi.sh
-rw-r--r--. 1 sysinst gsysinst  894 19 sept.  2018 /usr/local/namd/2.12-gpu/exemple_script_soumission.sh

De plus amples informations sur la soumissions des calculs namd avec GPU sont aussi disponibles sur le site web de NVidia : https://www.nvidia.com/en-us/data-center/gpu-accelerated-applications/namd/.

Voir aussi

FAQ

Questions fréquentes et messages d'erreurs

GROMACS

Versions de GROMACS disponibles sur OLYMPE : version 2018.3 version 2020.2

Amber et Ambertools

Licence Amber: Les binaires amber (pmed*) ne sont accessibles qu’aux équipes ayant acquis la licence. Veuillez contacter le support si vous n'avez pas les droits d'utilisation.

Lammps

Lammps (cpu et gpu) est installée sur Olympe