Script SLURM pour Application OpenMP ou Multithreadée

Article mis en ligne le 20 janvier 2015

dernière modification le 7 avril 2017

Attention : ce script n’est pas valable pour les jobs utilisant le logiciel Gaussian

Nous donnons un exemple de script pour une application purement OpenMP déployant 20 threads.
L’argument

--cpus-per-task=20

correspond au nombre de cores qui seront dédiés aux threads OpenMP. Ainsi le chiffre indiqué doit correspondre à la valeur de(s) la() variable(s) :

OMP_NUM_THREADS  
MKL_NUM_THREADS

La variable

export OMP_PROC_BIND=true

est très importante car elle permet d’attacher correctement les threads OpenMP aux processeurs physiques du noeud.

Attention pour tout besoin supérieur à 20 threads (hors hyperthreading), et/ou besoin en mémoire supérieur à 64 GB passer par UVPROD :

Un script utilisant srun devient :

#!/bin/bash
#SBATCH -J script_art435
#SBATCH -N 1 
#SBATCH -n 1 
#SBATCH --threads-per-core=1
#SBATCH --cpus-per-task=20
#SBATCH --cpu_bind=none


workdir=${SLURM_SUBMIT_DIR}/JOB_${SLURM_JOBID}
mkdir ${workdir}
cd ${workdir}
cp $0 .
export OMP_NUM_THREADS=20
MKL_NUM_THREADS=$OMP_NUM_THREADS 
export OMP_PROC_BIND=true 

srun ./mon_appli.exe > output_${SLURM_JOBID}.log

Dans la même rubrique