De Hyperion à Eos : PBS2SLURM
Article mis en ligne le 14 avril 2014
dernière modification le 25 juin 2014
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De Hyperion à Eos, le gestionnaire de batch (ordonnanceur des travaux) passe de PBSPro à SLURM.

HYPERION EOS
commandes PBS commandes SLURM
Lancer son calcul : Lancer son calcul :
hyperion>qsub mon_script.cmd eos>sbatch mon_script
Quels jobs tournent : Quels jobs tournent :
hyperion>qstat -r eos>squeue
Quels job tournent sur la queue ’noeud16’
hyperion>qstat -r uvcalmip eos>squeue -q uvcalmip
le nom ’noeud16’ évoluera lors de la mise en production d’eos
supprimer un job supprimer un job
hyperion>qdel $PBS_JOBID eos>scancel $JOBID
Suivre le statut de ses jobs Suivre le statut de ses jobs
Statut des jobs R(running), Q(attente),H(hold) Statut des jobs R(running), P(Pending->attente)
hyperion>qstat -u username eos>squeue -u username
connaître les noeuds utilisés connaître les noeuds utilisés
hyperion>qstat -n $PBS_JOBID eos>squeue -j $JOBID
connaitre le détail des éléments concernant un job connaitre le détail des éléments concernant un job
hyperion>qstat -f $PBS_JOBID eos>scontrol show job $JOBID
HYPERION EOS
Mode Script : Comment élaborer un script ? Mode Script : Comment élaborer un script ?
requete : 1 noeud et 8 cpus requete 1 noeud et 20 cpus
- #PBS -l select=1:ncpus=8 - #SBATCH -N 1
- #SBATCH -n 20
requete : 2 noeuds et 16 cpus requete 2 noeuds et 40 cpus
- #PBS -l select=2:ncpus=8 - #SBATCH -N 2
- #SBATCH -n 40
requete : 2 noeuds, 16 cpus et 16 process MPI requete 2 noeuds, 40 cpus et 40 process MPI
- #PBS -l select=2:ncpus=8:mpiprocs=8 - #SBATCH -N 2
- #SBATCH -n 40
- #SBATCH —ntasks-per-node=20
HYPERION EOS
Utiliser l’Hyperthreading Utiliser l’Hyperthreading
requête : 2 noeuds, 16 cpus et 32 process MPI requete 2 noeuds, 40 cpus et 80 process MPI
- #PBS -l select=2:ncpus=8:mpiprocs=16 - #SBATCH -N 2
- #SBATCH -n 80
- #SBATCH —ntasks-per-node=40
Sélectionner deux nœuds avec 4 processus MPI par nœud et 2 processus par sockets Sélectionner deux nœuds avec 4 processus par nœud et 2 processus par sockets
- #PBS -l select=2:ncpus=8:mpiprocs=4
- mpirun -np 8 omplace -c 0,1,4,5 ./a.out
- #SBATCH -N 2
- #SBATCH -n 8
- #SBATCH —ntasks-per-node=4
- #SBATCH —cpu_bind=map_cpu:0,1,10,11
- srun ./a.out


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