De Hyperion à Eos : PBS2SLURM
Article mis en ligne le 14 avril 2014
dernière modification le 25 juin 2014
| HYPERION | EOS |
|---|---|
| commandes PBS | commandes SLURM |
| Lancer son calcul : | Lancer son calcul : |
| hyperion>qsub mon_script.cmd | eos>sbatch mon_script |
| Quels jobs tournent : | Quels jobs tournent : |
| hyperion>qstat -r | eos>squeue |
| Quels job tournent sur la queue ’noeud16’ | |
| hyperion>qstat -r uvcalmip | eos>squeue -q uvcalmip |
| le nom ’noeud16’ évoluera lors de la mise en production d’eos | |
| supprimer un job | supprimer un job |
| hyperion>qdel $PBS_JOBID | eos>scancel $JOBID |
| Suivre le statut de ses jobs | Suivre le statut de ses jobs |
| Statut des jobs R(running), Q(attente),H(hold) | Statut des jobs R(running), P(Pending->attente) |
| hyperion>qstat -u username | eos>squeue -u username |
| connaà®tre les noeuds utilisés | connaà®tre les noeuds utilisés |
| hyperion>qstat -n $PBS_JOBID | eos>squeue -j $JOBID |
| connaitre le détail des éléments concernant un job | connaitre le détail des éléments concernant un job |
| hyperion>qstat -f $PBS_JOBID | eos>scontrol show job $JOBID |
| HYPERION | EOS |
|---|---|
Mode Script : Comment élaborer un script ? |
Mode Script : Comment élaborer un script ? |
| requete : 1 noeud et 8 cpus | requete 1 noeud et 20 cpus |
| - #PBS -l select=1:ncpus=8 | - #SBATCH -N 1
 #SBATCH -n 20 |
| requete : 2 noeuds et 16 cpus | requete 2 noeuds et 40 cpus |
| - #PBS -l select=2:ncpus=8 | - #SBATCH -N 2
#SBATCH -n 40 |
| requete : 2 noeuds, 16 cpus et 16 process MPI | requete 2 noeuds, 40 cpus et 40 process MPI |
| - #PBS -l select=2:ncpus=8:mpiprocs=8 | - #SBATCH -N 2
#SBATCH -n 40
#SBATCH —ntasks-per-node=20 |
| HYPERION | EOS |
|---|---|
| Utiliser l’Hyperthreading | Utiliser l’Hyperthreading |
| requête : 2 noeuds, 16 cpus et 32 process MPI | requete 2 noeuds, 40 cpus et 80 process MPI |
| - #PBS -l select=2:ncpus=8:mpiprocs=16 | - #SBATCH -N 2
#SBATCH -n 80
#SBATCH —ntasks-per-node=40 |
| Sélectionner deux nœuds avec 4 processus MPI par nœud et 2 processus par sockets | Sélectionner deux nœuds avec 4 processus par nœud et 2 processus par sockets |
| - #PBS -l select=2:ncpus=8:mpiprocs=4
mpirun -np 8 omplace -c 0,1,4,5 ./a.out |
- #SBATCH -N 2
#SBATCH -n 8
#SBATCH —ntasks-per-node=4
#SBATCH —cpu_bind=map_cpu:0,1,10,11
srun ./a.out |