Utilisation via PBS des accélérateurs : GPU
Article mis en ligne le 6 septembre 2012
dernière modification le 25 septembre 2012
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Dans le cadre du projet EQUIP@MESO le mésocentre de Calcul CALMIP enrichi son système de calcul en mettant à la disposition de la communauté un environnement Matériel et Logiciel pour accélérateurs de codes de calculs (Cartes Nvidia Tesla M2070, compilateur HMPP).

Deux cartes GPU sont disponibles sur le noeud uvcalmip

Préalable :
Pour pouvoir utiliser ces cartes GPU vous devez être membre du groupe ’gpu’. Vous pouvez faire cette demande en envoyant un mail à support.calmip[_at_]cict.fr

La réservation d’une ou des cartes GPU se fait à travers PBS :

  • Exemples de soumissions :
    • Requête PBS
requête PBS pour 1 GPU et 6 cores (défaut minimum nbre cores)
qsub -I -l jobtype=uvcalmip -l select=1:ncpus=6:ngpus=1
jobtype spécifie le noeud sur lequel se trouve la(es) carte(s)
 select=1:ncpus=6:ngpus=1 la carte est attachée à un socket spécifique
requête PBS pour 2 GPU et 12 cores (défaut minimum nbre cores)
qsub -I -l jobtype=uvcalmip -l select=1:ncpus=6:ngpus=1+1:ncpus=6:ngpus=1
    • Pour les job demandant une seule carte GPU
      • Une fois le job ’running’
        PBS va vous donner les accès nécessaires pour utiliser l’un des deux devices (device=carte) :
/dev/nvidia0 /dev/nvidia1
      • Pour connaître le device (device=carte)
source /usr/local/bin/mon_gpu
      • La variable GPU_ID est initialisée avec le numéro du GPU affecté :
echo $GPU_ID

Le device à utiliser sera : /dev/nvidia$GPU_ID

Environnement développement accélérateurs GPGPU

module load cuda/4.1
module load hmpp/Wizard_2.0.0
module load hmpp/Workbench-3.2.1


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